Bordel dans ma Debian

Bonjour,

Voila le soucis que j'ai.

J'aimerai débuter avec RAILS, sur ma machine principale une Debian 8, j'ai donc compiler une nouvelle version de Ruby pour avoir la 2.3.
Jusque la tout va bien, le soucis étant que j'ai lancer la création d'une projet rails en su, ça a foutu un gros bordel, du coup telle un idiot j'ai supprimer à la mano tout ce qu'il y'avait dans le dossier gems dans mon install ruby.
Le soucis maintenant c'est que si je reinstall rails il ne me remet pas les dependances, et du coup rails ne peut pas fonctionner.

Dois je reinstaller Ruby ? Ou est ce que je peut forcer le reinstallation de toute les dependances ?
Une deuxieme question, l'install d'une gem doit il se faire en su ? ou avec l'user normal ? Même question pour les projets rails, si j'ai bien compris il ne faut jamais le lancer en Root ?

Merci d'avance.