Ton controller n'a théoriquement aucune raison d'être un fourre tout illisible vu qu'il n'est pas sensé contenir de code métier. Tu dois faire appel à des classes externes qui eux font le boulot (et peuvent être structurer proprement selon ton projet).
Un controller ne dois faire que recevoir les données, les traiter (en faisant appel à des classes externes) puis les renvoyer à la vue.
Evidemment, si même en respectant ça, ton controller est illisible, il faudrait simplement penser à le diviser en plus petit controler autour d'une ou plusieurs fonctionnalités.
Personnelement, j'utilise des commentaires "gros" très lisible, pour séparer chaque bloc de fonctionnalité (donc en dehors des commentaires normés) pour éviter d'avoir trop de fichier qd mon controller devient trop gros. Et pour garder une parfaite lisibilité du controler, j'utilise mon IDE pour n'afficher que le nom des méthodes (et donc me repérer tout de suite dans la structure de la class).
Ceci étant, ça reste une bonne idée de voir ce qu'il y a ailleurs :)
Vilsafur